南京林业大学水运工程研究所挂靠土木工程学院，由林业部于六十年代投资建成。曾拥有水利厅、水工大厅、室内模型试验场、室外模型试验场、流体力学试验室、流量为1m3/的水泵房以及全国唯一的大型循环水流动深浅水拖曳船池。先后为林业、军工、水利、港建、渔业和造船等领域承担过大量的科研课题，获得过1993林业部科技进步叁等奖一项，其中国家重点工程二滩水电站三项木材过坝试验研究项目科研经费达三百多万元。水运研究所曾为本、专科生开设水力、水工和其它方面的专业基础课和专业课实验，为研究生提供学位论文试验，培养了大量水工、水运、森林工程和土木工程专业技术人才。在国际上，同美国、德国、加拿大、俄罗斯、芬兰、匈牙利、保加利亚等国的同行专家有着良好的合作关系。多次邀请外国专家来访，同时经常派员出国访问和出席国际会议。在科学研究的基础上，先后在国内外学术刊物和学术研讨会上，发表论文百余篇，出版论著多部。
现拥有拖曳水池，船、桨模型加工间，绘图室，仪器室和室内模型实验场地，总面积达800m2。在南京六合金牛山水库有1000 m2的室外试验基地。
该研究所主要研究方向为：1、浅、深水船舶性能模型和原型的试验研究；2、水工建筑物模型试验研究；3、木排运输、水上贮木、木材过坝等试验研究；4、港口海洋工程模型试验研究；5、网具性能等模型试验研究；6、流速仪标定等。
所 长：黄 新 教授
副所长：杨明明 教授
