| 党政管理 | 系、实验中心 | 研究所、室 |
| 院 长 | 森林工程系 | 水运工程研究所 |
| 党委书记 | 交通土建工程系 | 岩土工程研究所 |
| 党委副书记、副院长 | 建筑工程系 | 与桥梁工程研究所 |
| 副院长(科研、实验室) | 工程管理系 | 绿色建筑与结构研究所 |
| 副院长(教学) | 测绘工程系 | 测绘工程研究所 |
| 副院长(研究生教育) | 给排水工程系 | 土建设计室 |
| 院办(行政) | 土木工程实验中心 | 江苏正本--南林大节水净水研究中心 |
| 院办(教学) | 结构工程实验室(江宁) | |
| 就业、团委(辅导员)办公室 | ||
| 党建工作办公室 | ||
| 研究生教学办公室 |
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