学院设有土木工程一级学科博士点，依托林业工程国家“双一流”A+学科国际领先的竹木材料研发优势，融合形成以绿色竹木结构为特色的土木工程学科。在绿色土木工程材料、低碳竹木结构工程、岩土加固与城市地下工程、土木工程灾变防控等方面形成特色优势。紧跟国家战略发展步伐，发挥农林高校土木学科特色与优势，聚焦行业与区域发展需求，强化社会服务水平，促进行业绿色转型。解决了竹木结构工程、富水地层地铁隧道施工、桥梁高效加固、大跨径钢桥面铺装建养等核心关键技术：率先编制ISO国际、国家、地方系列标准，推动竹木产业走上新台阶；深度融入长三角一体化发展，为沪宁高速、宜长高速、京沪改扩建等高速公路，南京长江大桥、第二、第三、第四大桥、仙新路长江大桥、苏通大桥、舟山连岛工程等跨江跨海大桥，南京地铁、苏州地铁、宁波地铁等轨道交通，汶川及玉树地震灾区重建等重大工程灾变防控及绿色建养提供重要技术支撑。

  学院设有森林工程二级学科博士点，该学科作为学院的特色与优势学科，已被列为国家重点学科及“双一流”建设学科，享有极高的学术声誉。博士点聚焦森林工程领域的重大科学问题与关键技术，涵盖森林生态工程、林区道路工程、森林作业与环境保护等多个研究方向，旨在通过高水平的科学研究和严格的学术训练，培养具备国际视野、创新能力和实践精神的高层次专门人才。